Im Grundschulbereich sind die Jahrgänge 1 bis 4 in jahrgangsübergreifenden Kursen zusammengefasst (U1/2 und U3/4). In jeden Kurs können insgesamt 12 Kinder aufgenommen werden. Die Kurse M1 (5. Jahrgang) und M2 (6. Jahrgang) werden derzeit noch einzügig geführt. Angesichts des anhaltenden Interesses erwägen wir jedoch derzeit die Gründung weiterer Gruppen in diesen Jahrgängen. Da die Gruppengröße von 12 nicht überschritten werden soll, hängt dieses von der Schaffung neuer Räume auf dem Schulgelände ab, welche im Laufe des Jahres 2009 dank der Förderung aus dem Konjunkturpaket sowie der Unterstützung durch den Trägerverein realisiert wird.

Grundsätzlich ist die Berthold-Otto-Schule eine Gemeinschaftsschule, die von den Schülern vom Beginn bis zum Ende der Schulpflicht, also von Klasse 1 bis 10, besucht werden kann. In den letzten Jahren sind überwiegend viele Schüler nach dem Ende der Grundschulzeit auf weiterführende Schulen übergewechselt. Von einer Zweizügigkeit ab Klasse 5 erhoffen wir uns eine höhere Verbleibensrate an unserer Schule.

Im Oberschulbereich ab Klasse 7 ist die Schule zweizügig organisiert, d.h. zwei parallele Gruppen pro Jahrgang. Diese Gruppen sind ausdrücklich nicht nach Leistung oder Abschlusswunsch differenziert, da wir im Sinne Berthold Ottos bewusst leistungs- und interessengemischte Gruppen bilden.

Als staatlich anerkannte Sekundarschule führen wir die Schüler zum einfachen (nach erfolgreichem Abschluss der Klassenstufe 9) bzw. zum erweiterten (nach erfolgreichem Abschluss der Klassenstufe 10) Hauptschulabschluss. Mit der Umwandlung der Haupt- und Realschule in Sekundarschulen werden die entsprechenden Abschlüsse Berufsbildungsreife bzw. erweiterte Berufsbildungsreife genannt. Bei Eignung und entsprechendem zusätzlichen Einsatz können die Schüler die Prüfung zum Mittleren Schulabschluss absolvieren. Seit Einführung dieser Prüfung konnten wir feststellen, dass im berlinweiten Vergleich überdurchschnittlich viele unserer Schüler diese Prüfung erfolgreich absolvieren.